Gundam Vs Z Gundam è uguale a Kidou Senshi Gundam Federation Vs Zeon e a AEUG Vs Titans come stile di gioco, sono però presenti alcune modalità in più rispetto ai precedenti, come la UC mode: in questa modalità si deve scegliere con chi cominciare la storia, cioè o con Zeon o con i Titans o con l'AEUG