In questo episodio il giocatore chiamato nuovamente a controllare Il Professore e il suo aiutante in una sorprendente vicenda, risolvendo un enigma dopo laltro, e interagendo con lambiente circostante e le persone al fine di ottenere indizi per proseguire nella trama principale. In questo inedito episodio sono presenti ben 138 rompicapi diversi,15 Sfide puzzle di Layton(sbloccabili una volta completato il gioco) e addirittura 34 rompicapi settimanali distribuiti via Nintendo Wi-FiConnection. Altra novit rappresentata dagli svariati oggetti collezionabili da Layton(tra i quali un simpatico criceto e un servizio da t) che, una volta completati i minigiochi a loro collegati, sbloccheranno svariati extra.