Naruto Ninja Council 3 porta per la prima volta sui doppi schermi di DS tutte le emozioni e le avventure della nuovissima serie Naruto Shippuden. In questo nuovo episodio il giocatore prende il controllo di Naruto e i suoi compagni durante le vicessitudini dei primi 30 episodi della serie Shippuden, e dovr guidarli contro la terribile organizzazione Alba in un emozionante action/platform.