Batman: Arkham Origins include una Gotham City ancora più estesa e introduce un prequel della storia originale, che si svolge alcuni anni prima degli eventi di Batman: Arkham Asylum e Batman: Arkham City.
Il gioco si svolge prima dell'insurrezione dei più pericolosi criminali e assassini di Gotham City e mostra un Batman giovane, inesperto e grossolano che, all'inizio della sua carriera come giustiziere, affronta un momento cruciale che in seguito lo porterà a diventare il Cavaliere Oscuro.
Col procedere della storia, assisterai alla formazione di identità e relazioni fondamentali.