Questa epica avventura di Legend of Zelda comincia con il nostro eroe nel bel mezzo di una crisi familiare. La vita tranquilla di Link su una minuscola isola viene distrutta un giorno funesto quando la sua amata sorella viene rapita da un enorme e minaccioso uccello. Naturalmente, l'eroe parte all'inseguimento brandendo spada e scudo. La ricerca mette in moto un'epica avventura attraverso strane terre e in mare aperto, dove Link dovrà cercare indizi che lo aiutino a ritrovare l'amata sorella.
Naturalmente, il celebre gameplay di Zelda è il cuore di The Wind Waker. Link può affondare colpi con la sua spada (compreso un nuovo poderoso attacco rotante), deviarli col suo scudo, volteggiare al di là dei vuoti e, per la prima volta, raccogliere le armi che i nemici hanno lasciato cadere. Per di più, The Legend of Zelda: The Wind Waker offre un sistema di controllo incredibilmente intuitivo, al quale sono ormai abituati tutti i fan di Zelda.